گرچه تفکر سیستمی در سازمان می تواند به رشد و توسعه آن یاری رساند و به طی کردن مراحل رشد و شناخت راه های بقای سازمان و واکاوی نیروهای گریز از مرکز و فروپاشنده سازمان کمک کند، اما به هر روی آسیب ها و تهدیدهایی در اجرای تفکر سیستمی در سازمان وجود دارد که ممکن است ما را به بیراهه ببرد. برخی از آن ها را برمی شمریم:

الف – نگاه سیستماتیک ممکن است ما را بیش از حد به درگیری میان اجزا مشغول کند و با توجه به اثر پروانه ای و علت و معلول بودن هر اتفاقی، همه چیز را با هم مرتبط و درگیر بدانیم و اگر مشکلی در سازمان پیش بیاید به دنبال دلایل واهی و دشمن تراشی و فرافکنی باشیم به جای آن که دلیل اصلی را به شکل واقع بینانه کشف و درک کنیم.

ب – در تفکر سیستمی همیشه اثرات آنی را درک می کنیم و اکثرا بحث زمان و تغییرات تدریجی و تعاملات بلند مدت درک نمی شود. در سازمانها و در بسیاری از سیستم ها درک تغییرات تدریجی وجود ندارد و مثل پختن قورباغه در آب جوش، مدیران با وجود تفکر سیستماتیک نمی توانند از بحرانها و مشکلات سازمان سردر بیاورند که در این وضعیت بهترین حالت وجود همیشگی مشاور بیرون از سازمان می باشد.

ج – دیگر آسیب و تهدید تفکر سیستمی در سازمان اشتباه پنداشتن رابطه علت و معلولی با همبستگی است! ممکن است بسیاری از تغییرات و مشکلات و ایرادات به واسطه همبستگی با یک موضوع باشد نه به واسطه علت و معلولی. مثلا اگر میزان فروش یک سازمان پایین آمده و میزان حضور بازاریابان هم کاهش یافته دلیل کاهش فروش، کاهش ساعات حضور بازاریابان نیست و این دو موضوع با هم همبستگی دارند نه این که علت و معلول باشند و علت را باید در جای دیگر مورد بررسی قرار داد.

به هر روی، علیرغم وجود مزایای فراوان برای وجود تفکر سیستمی در سازمان، باید بدانیم این نوع رویکرد نیز می تواند آثار و آسیب های متعددی به مدیریت و کلیت سیستم وارد کند که با علم به این موضوع و کاستن از آسیب های آن می توان باز هم با بهره گیری از این رویکرد، سازمان را به سمت تعالی و پیشرفت با هدفی مشخص و با تعامل سازنده میان اجزای سازمان پیش برد.